長期にわたり継続かつ反復して水を利用してきたという事実があって、その排他的支配が社会の通念によって承認されて権利化したものをいい、そのほとんどは灌漑水利権であるが、飲水使用権等もある。明治29年（1896年）に旧河川法（昭和40年4月1日付で廃止）が制定されて以後、旧河川法の適用又は準用される河川においては、水利権は行政庁の特許によってのみ与えられるが、従来の慣行水利権は、当該河川について旧河川法が適用され又は準用された時点において、旧河川法第18条の規定による許可を受けたものとみなされ（旧河川法施行規程11条）、更に新河川法においても河川法第23条の許可を受けたものとみなされている（河川法施行法第20条1項。新たに一級河川、二級河川等の指定を受けた河川については、河川法第87条の規定がある）。